メルクリン社から以下の重要事項について、正式な回答がございましたので、お知らせいたします。

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セントラルステーション２のバージョンについては、メルクリン社のホームページに明示されているものが、正式バージョンです。
セントラルステーション２にLANケーブルをつなぎ直接バージョンアップできるバージョンは、修正が終わっていない場合があります。
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との、回答がメルクリン社よりありました。

セントラルステーション２をバージョンアップされる場合は、メルクリン社のホームページに明記されているUSB用のファイルからのバージョンアップが、公式修正済み版になります。
セントラルステーション２にLANケーブルを接続して直接バージョンアップできるバージョンは、大きな不都合はないと思われますが、細かい修正が行われる可能性のあるバージョンです。

以上が、メーカーの正式回答です。

LANケーブルを接続して直接バージョンアップできるものは、ベータ版とお考えください。
LANケーブルを接続して直接バージョンアップされる場合は、以上のことをご理解の上バージョンアップしてください。